Der Tauchbetrieb auf der Emperor Explorer wird mit dem eigenen extra Tauchboot durchgeführt. Der tägliche Tauchbetrieb wird von einheimischen Tauchguides und Tauchlehrern durchgeführt. Vor jedem Tauchgang gibt es ein Briefing in englischer Sprache. Es werden täglich zwei bis drei Tauchgänge sowie ein Nachttauchgang pro Woche angeboten. Auf einer 7 Nächte Tour werden 17 Tauchgänge angeboten. 24 Stunden vor Abflug darf nicht mehr getaucht werden.

Auf dem Tauchdhoni wird die komplette Tauchausrüstung gelagert, hier befindet sich auch der Kompressor und die Flaschen werden hier gefüllt. Zum füllen der Flaschen entfernt sich das Tauchdhoni vom Hauptschiff so das die Gäste nicht gestört werden. Nitrox ist für zertifizierte Nitrox Taucher kostenlos, Padi Kurse und Brevets werden angeboten.

Der erste Tauchgang ist immer ein Checkdive an dem jeder Taucher teilnehmen muss. Nach dem Checkdive dürfen erfahrene Taucher auch eigenverantwortlich tauchen gehen.

Taucher mit einem Open Water Diver Brevet oder vergleichbar dürfen nicht tiefer als 18 Meter tauchen. Wer möchte kann an Bord den Tieftauchgang aus dem PADI Adventures in Diving Programm buchen dann darf bis 30 Meter tief getaucht werden. Ähnliches gilt für Nachttauchgänge, hier ist der Nachweis von Nachttaucherfahrung notwendig, wer dies nicht hat muss vor Ort den Nachttauchgang aus dem Adventures in Diving Programm buchen.

The Best of the Maldives - Auf dieser Route werden die bekanntesten Tauchplätze der Malediven angefahren. Auf dem Programm steht eine abwechslungsreiche Tour mit Tauchgängen in Kanälen, am Außenriff und an Unterwasserbergen. Der Fischreichtum ist gigantisch und fast auf jeder Tour werden Mantas und Haie gesehen. Die Route „The Best of the Maldives“. Ist nicht an feste Tauchplätze gebunden. Je nach Wetter und Jahreszeit werden unterschiedliche Tauchplätze und Atolle angefahren. Auf dem Programm stehen fast immer Tauchgänge im Nord- & Südmale sowie im Ariatoll aber auch Rasdhoo- Vaavu Atoll werden häufig besucht.

Sharktastic – Diese Tour wird in den Monaten Januar bis April angeboten.  Die Route führt in den Süden der Malediven, angefahren werden Südmale-, Faavu- Meemu- und Südariatoll. Getaucht wird überwiegend an der Ostseite der Atolle. Stömungstauchen in den Kanälen und Thilas steht dann auf dem Programm. In der Regel herscht sehr gute Sicht und häufig werden Grauhaie, Adlerrochen und andere Großfische gesehen. Im Südariatoll besteht eine gute Chance Walhaie und Mantas zu sehen.

Pelagic Mastic – Auf diesen Touren wird in den Monaten April bis Juli das Ari Atoll angefahren. Das Hauptziel dieser Touren sind Manta Putzerstationen und die Walhaie im Süden des Ari Atolls. Aber auch bekannte Thilas werden angefahren und der Fischreichtum dieser Plätze gezeigt.

Manta Madness - Diese Tour wird in den Monaten Juni, Juli, Oktober und November angeboten. Diese Tour führt von Male in`s Baa Atoll oder zurück und es ist ein Inlandflug notwendig.
Auf der Tour die in Male startet werden Riffe im Osten der Malediven angefahren, die Touren gehen in der Regel über Nordmale-, Gaafaru- Lhaviyani- und Noonu Atoll zu den Matans und hoffentlich Walhaien in`s Baa Atoll. Auf dieser Route werden einige schöne Wracks betaucht.
Der Rückweg startet dann im Baa Atoll, dieser führt dann über Rasdhoo sowie Nord- und Süd Ari Atoll zurück nach Male. Auf dieser Route werden viele schöne Riffe angefahren.